Nach der Hauptorogenese der Alpen im Eozän und an der Wende Eozän / Oligozän war die Tethys in die Paratethys (im Norden) und das Mittelmeer (im Süden) aufgespalten.

Eine stark vereinfachte Geschichte der Paratethys und des Mittelmeers während des Miozäns. Gelb = Land, dunkelblau = marin, oliv = brackisch, hellblau = Süßwasser. Umgezeichnet, verändert und ergänzt nach Stanley (1994). (Animation noch einmal abspielen !)

In der Paratethys nördlich der Alpen begann im Oligozän die Sedimentation der bayerischen Molasse. Die Paratethys erstreckte sich als Rest der Tethys unter wechselhaften salinaren Bedingungen ursprünglich bis weit nach Osten. Schwarzes Meer, Kaspisches Meer und Aralsee sind heutige Reste dieses Meeres. Ob die Paratethys noch weiter nach Osten reichte (bis zu den Langzeitseen von Kasachstan oder gar bis zum Baikal), ist ungeklärt.
Mit dem Beginn des Neogen intensivierte sich die nach der Hebung der Alpen bereits im Oligozän begonnene Vorschüttung der bayerischen Molasse. In dieser dokumentierte sich der mehrfache Wechsel zwischen mariner und nichtmariner Entwicklung (Untere und obere Meeres- und Süßwasser-Molassen).
Die Paratethys zog sich nach ihrer weitesten Ausdehung im Oligozän im Laufe des Miozäns nach Osten zurück. Dort im Osten bleibt die Paratethys am längsten marin, später lange brackisch.
Im obersten Miozän fand weltweit ein dramatischer Meeresspiegelrückgang statt, der das sonst über die Straße von Gibraltar mit Frischwasser versorgte Mittelmeer vom Atlantik isolierte (Salinitätskrise des "Messinian Event" mit mächtigen Salzablagerungen).